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    劍橋晶體結構數據庫(CSD, 有機、金屬有機物)
     題名[中]: 劍橋晶體結構數據庫(CSD, 有機、金屬有機物)
     題名[英]: Cambridge Structural Database (CSD)
     資源網址: http://www.ccdc.cam.ac.uk/

    簡介[中]: 劍橋結構數據庫CSDS (Cambridge Structural Database System)是由劍橋晶體數據中心(CCDC Cambridge Crystallographic Data Centre) 發展的基于X光和中子衍射 實驗唯一的小分子及金屬有機分子晶體的結構數據庫。 CSDS基本上包括已發表的所有原子個數(包括氫原子)在500以內的有機及 金屬有機化合物晶體數據,并對收集的數據進行嚴格評審。隨著PDB和NDB (Nucleic Acid Database)快速發展,CSDS不再包括低核苷酸的數據,但增加 了高分子的數據。 CSDS包括功能完整的應用軟件,不僅具有數十種查詢化合物的方法,還提 供了分子結構信息統計方法和三維圖像演示方法,以幫助研究人員尋找、觀 察、分析和總結有關的化合物信息。CSDS軟件分為基本軟件系統和圖形軟件 系統。 CCDC目前提供的劍橋晶體結構數據系統CSDS包括:
    1. CSD: CSDS的核心,目前CSD收集了約47.5萬分子結構,并以每年 9%的速度進行增長。隨著實驗方法的進步,新裝入數據的質量越來越高, 超過91%的數據擁有小于0.05的R值。 2. ConQuest: 用于從劍橋結構數據庫搜索和提取結構信息的基礎軟件。該 軟件提供在劍橋結構數據庫中全方位的文字與數字查詢,同時還具有更高 級的搜索功能:
    o 化學亞結構的搜索
    o 幾何結構的搜索
    o 分子間和分子內相互關系的搜索
    對于所查詢的每個三維化學亞結構,ConQuest 可幫助用戶定義,提取和輸出與之對應的一系列幾何參數,并直接與Mercury相鏈接以顯示選中的結構,或者與Vista 鏈接以分析和顯示所提取的幾何數據。
    3. PreQuest: 可方便用戶構建自己專用的晶體結構數據庫,然后可對該數據庫用ConQuest 獨立或與CSD相結合進行搜索。
    4. VISTA: 是一個互動的分析與統計軟件,可閱讀用戶自定義的幾何數據和其它通過ConQuest從CSD中提取的數字信息。
    5. Mercury: 提供了一整套豐富的軟件工具用于顯示及比較晶體與分子結構,從而探索分子網絡與晶胞堆積。
    6. Mogul: 可迅速地從CSD中幾百萬個各類化學鍵長,鍵角和非環扭轉角數據中提取信息以便快捷地顯示分子的幾何結構。應用范圍包括驗證新的晶體結構,發現新的幾何特性, 查證通過計算而得到的構象(如過濾篩選蛋白質-配體嵌合模擬的結果以便去除不可能的配體構象),及建立配體庫以用于蛋白質晶體結構的精調。
    7. IsoStar: 對收集在CSD和PDB實驗數據庫中的非鍵相互作用的幾何參數信息進行快速訪問。

    CSDS每年有三次數據更新,用戶可以從CCDC 的網頁上下載新的數據:
    http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd_system/conquest/csd_updates/
    CCDC每年年底發布新版本的CSDS。

    CSDS操作平臺:Windows/UNIX/LINUX/Mac OX。

    備注: 國內欲使用CCDC的用戶,請聯系

    聯系人:徐俊波
    地址:北京市海淀區中關村北二條一號,中國科學院過程工程研究所,100190
    電話:(8610)82612330
    E-MAIL: jbxu@home.ipe.ac.cn
    E-mail: hwen@ns.icm.ac.cn

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